Hlavní atrakcí muzea jsou tzv. Krýzovy jesličky, největší lidový mechanický betlém na světě. Muzeum spravuje expozice v renesanční budově na Balbínově ul., dále rozsáhlý komplex kostela sv. Jana Křtitele a bývalého minoritského kláštera ve Štítného ulici. V areálu jsou umístěny pracovny muzea, knihovna s badatelnou, konferenční sál, výstavní prostory a expozice.